由于植物蛋白饮料易油析、沉淀，在生产过程中要注意许多因素，除稳定剂的选择和使用外，生产过程中水处理、打浆过滤、均质、灭菌对产品的品质有较大影响。

1．  处理、浸泡的处理。对植物蛋白饮料经过预处理的植物籽仁，使蛋白饮料的风味和口感提高，也有利灭去一些酶的活性，通过浸泡可以软化细胞结构，提高胶体分散程度和提高蛋白质的提取率。一般用pH值为7.5左右的水浸泡6-8小时，在夏季气温高时要每2小时换一些水。

2．  打浆、过滤。用60%配料总量的水（调pH值为7.5-8.0）加热60-80℃。用胶体磨磨至颗粒直径为5-8cm，用100或200目过滤，如果直径过大易沉淀分层，过滤目数不能太多，影响饮料的口感和风味。

3．  均质。均质是生产植物蛋白饮料不可缺少的工序。共作用对蛋白颗粒和脂肪球进行机械破碎、剪切，使蛋白及附在脂肪球上，防止脂0上浮，改善口感，提高产品的稳定性。主要注意均质压力温度、次数。一般要求，两次均质均质温度在70-80℃之间。第一次均质压力为20-25mpa，第二次均质压力为30-40mpa，有利饮料均匀稳定。